バイオインフォマティクス

シークエンシングとタンパク質ドッキングは非常に計算の多い仕事ですが、CUDA可能GPUを利用することで、大規模なパフォーマンス向上が得られます。バイオインフォマティクスと生命科学プログラムのための現在進行中のGPU利用について、少しご紹介しましょう。

NVIDIA Tesla Bio Workbenchの導入により、生物物理学者や計算化学者に対し、科学のワークフローを最適化し、研究スピードを加速して生化学研究の限界を打ち破るツールを提供します。詳細はこちらから。

BGIがGPUによりゲノム解析を加速
中国のゲノム解析大手BGIが、どのようにNVIDIA Tesla GPUを活用しDNAシーケンシングを加速したかを知ろう。

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GPUを用いたHMMERの高速化 拡張可能なインフォマティクス（情報科学）	MUMmerGPU: GUDAを用いたハイスルーDNA配列アラインメント シュワルツら（Schatz, et al）による

CUDAを活用した主なバイオインフォマティクス ISVとアプリケーション

CUDAを用いたバイオインフォマティクス・ソフトウェア

• GPU HMMER : CUDA可能GPUでのHMMER
• MUMmerGPU: CUDAを用いたハイスルーDNA配列アラインメント
• CUDASW++ : CUDA対応GPUでのタンパク質配列データベース（スミス-ウォーターマン）スキャン
• GPUでのスミス-ウォーターマン・コード
• オンラインCUDAスミス-ウォーターマン
• CUDAを用いた配列アラインメント
• CUDA可能GPUを用いたFolding＠Home
• LISSOM: CUDAを用いた人間の大脳新皮質モデル
• Silicon Infomatics社によるCUDAベースAutoDock

• 配列アラインメント
• MUMmerGPU: GPUを用いたハイスルーDNA配列アラインメント
• CUDASW++: スミス-ウォーターマン配列データベース検索
• CUDAを用いたスミス‐ウォーターマン配列アラインメント
• CUDAを用いたバイオインフォマティクスに関する文献
• Infernal-GPU: CUDAが高速化するRNAアラインメント, Infernal（RNAアラインメント推論（INFERence）
• SWAMP配列アラインメント
• CMatch: タンパク質と遺伝子原糸の高速マッチング

• ドッキング
• 3Dタンパク質ドッキング
• CUDAを用いた高速PIPER
• ウィスコンシン大学におけるタンパク質ドッキング実績 およびデイビッド・ダイナーマン（David Dynerman）のインタビュー映像
• 国立がん研究所のジャック・コリンズ（Jack Collins）がGPUコンピューティングについて語る
• High-performance computational pipeline for metagenomic data analysis
• MrBayes on GPU
• 生物システムのための確率シミュレーションアルゴリズム（SSA）
• 人間の視覚野の自己編成型計算モデル
• GPU上での対ユークリッド距離計算による遺伝子発現分析のためのDNAマイクロアレイツール

• 医療用画像
• 分子ダイナミクス
• 計算化学
• AccelerEyes Jacket™ for MATLAB®
• MATLAB®

• Tesla/CUDA 成功事例
• その他のTeslaバーティカル・ソリューション
• CUDA ソフトウェア開発ツール & ライブラリ

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