分子動力学

分子力学アプリケーションは、NVIDIA GPUの超並列アーキテクチャに非常に適しています。以下の表では、VMDやNAMD、HOOMDといった分子力学のソフトウェアパッケージで行った研究が明らかにされています。

NVIDIA Tesla Bio Workbenchの導入により、生物物理学者や計算化学者に対し、科学のワークフローを最適化し、研究スピードを加速して生化学研究の限界を打ち破るツールを提供します。詳細はこちらから。


Amberの中での一般化した生体シミュレーションサンディエゴ　スーパーコンピューティングセンター	GPU クラスタ上のNAMD スケーリング理論的なコンピュータによる生物物理学グループ、UIUC

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CUDAを活用した主な分子動力学 ISVとアプリケーション

ISV	説明	GPUの利点
AMBER 11	CUDA上での力学的力場，陽および陰溶媒のシミュレーション	10倍のスピードアップ: CPU上での数分からGPU上の数秒単位へ
NAMD	10倍のスピードアップ: CPU上での数分からGPU上の数秒単位へ	4個のGPUで16個のクアッドコアCPUのクラスタを上回るパフォーマンス
GROMACS	複雑な結合間相互反応を伴う生化学的分子のシミュレーション	3倍から5倍のスピードアップ: PMEおよび陰溶媒Generalized Born方法をアクセラレート
VMD	巨大生物分子系の３Dグラフィックスによる視覚化と分析	20倍から100倍のスピードアップ: インタラクティブな，分子系の3Dディスプレーを可能に
Schrodinger Core Hopping	薬物特性の向上のための，新コアの高速スクリーニング	より高速，正確，かつ革新的な薬物開発
NWCHEM	HPCクラスタを対象に設計された計算化学パッケージ	予定リリース日: 2010年第3四半期

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CUDA 上の分子動力学に関するテクニカル・レポート

バーティカル関連のCUDAアクセラレーション

参照