Tesla

GPUアプリケーション

分子動力学

分子力学アプリケーションは、NVIDIA GPUの超並列アーキテクチャに非常に適しています。以下の表では、VMDやNAMD、HOOMDといった分子力学のソフトウェアパッケージで行った研究 が明らかにされています。

Molecular Dynamics Ion Placement VMD

Amberの中での一般化した生体シミュレーション
サンディエゴ スーパーコンピューティングセンター

Molecular Dynamics Lennard Jones

GPU クラスタ上のNAMD スケーリング
理論的なコンピュータによる生物物理学グループ、UIUC

CUDA 用分子動力学ソフトウエアをダウンロードする
> HOOMD: 高度最適化オブジェクト指向分子力学
> LAMMPS GPUポート
> GPUGrid.net
> GPU上で分子動力学を加速するOpenMMライブラリ
> ACEMD バイオ分子ダイナミックスパッケージ
> BigDFT : DFT (密度機能理論) 電子組織コード - PDFで参照
> TeraChem: ゼロから書かれた初のCUDA GPU向け量子化学コード


 
CUDA 上の分子動力学に関するテクニカル・レポート
> VASPを加速: GPUを使って平面波の電子構造計算を高速化する。
> NAMD およびVMD関係の刊行物
> GPUハードウェア上のSmooth Particle-Mesh Ewald 法(PME)
> GPU上でのAMBER分子動力学シミュレーションの加速
> HOOMD
> 蛍光顕微鏡
> MDシミュレーション用のグラフィクス・パワーの獲得
> Folding @ home (GROMACS駆動)
> Todd Martinez work on Quantum Chemistry on GPUs
> Q-Chem on CUDA

バーティカル関連のCUDAアクセラレーション
> 計算科学
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> バイオインフォマティクスおよびライフサイエンス
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参照
> Tesla/CUDA 成功事例
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